Ziel des Dirigierstudiums an der Universität Mozarteum ist es, die Absolventen zur künstlerischen Leitung aller Arten musikalischer Ensembles zu befähigen. Das schließt die Fähigkeit zu korrepetieren und gegebenenfalls Ensembles vom Klavier aus zu leiten mit ein. Ein Teil des gesamten Repertoires ist den beiden Studienzweigen Chor- und Orchesterdirigieren gemeinsam zugeordnet oder erfordert deren Zusammenarbeit: zum Beispiel Oper, Oratorium und ein großer Teil der Kirchenmusik. Die reinen Vokal- bzw. Instrumentalensembles sind studienspezifisch. Aufgrund der vielen Berührungspunkte ist es ein Ziel des Studiums, den Studierenden eines Studienzweiges einen Einblick in die spezifischen Aufgabenstellungen und Arbeitsmethoden des jeweils anderen Studienzweiges zu vermitteln. Ein weiteres Ziel ist es, die Studierenden auf Spezialisierungsmöglichkeiten aufmerksam zu machen und eventuelle Spezialisierungswünsche kompetent zu begleiten.
Das Studium wird in zwei Abschnitte gegliedert. Der erste Studienabschnitt umfasst sechs Semester und endet mit der 1. Diplomprüfung . Die kommissionelle 1. Diplomprüfung setzt sich aus Teilen der Bereiche 'Dirigieren', 'Klavier', 'Klavierauszug und Partiturspiel' und 'Tonsatz' zusammen. Der Bereich 'Dirigieren' setzt sich aus einer Probe mit einem (Vokal-) Ensemble bzw. Orchester und einer internen Prüfung (Dirigieren eines Accompagnato-Rezitativs und eines weiteren Werkes) zusammen. Der Bereich 'Tonsatz' setzt sich aus einem schriftlichen und einem mündlichen Teil zusammen. Der zweite Studienabschnitt umfasst vier Semester und ist in die Studienzweige 'Chordirigieren' und 'Orchesterdirigieren' gegliedert. Der zweite Studienabschnitt endet jeweils mit der vollständigen positiven Absolvierung der 2. Diplomprüfung in den Studienzweigen 'Chordirigieren' und 'Orchesterdirigieren'. Das Studium zeichnet sich dadurch aus, dass der Studierende neben den gesetzlich vorgeschriebenen Freien Wahlfächern Wahlfächer belegt, die einen individuellen Schwerpunkt während des Studiums bilden.
Zulassungsvoraussetzung für das Diplomstudium ist die Beherrschung der deutschen Sprache sowie die bestandene Zulassungsprüfung. Diese besteht aus dem Nachweis dirigentischer Begabung durch Dirigieren vorbereiteter Werke, der Überprüfung der Klavierkenntnisse, der Darstellung einer kurzen Opernszene einer deutschsprachigen oder einer italienischen Oper vom Klavier aus, des Blattspiels eines Ausschnittes aus Oper oder Oratorium aus dem Klavierauszug sowie der Überprüfung der Kenntnisse in Tonsatz, Hören und in Analyse.